『ルートレター』の主人公は東京在住の中村貴之。遠く離れた島根県在住の文野亜弥と文通していた15年前に見落としていた最後の手紙に「私は人を殺してしまいました。罪を償わなければなりません。これでお別れです。さようなら」との文字を見つけます。中村は島根に向かい、彼女からの手紙に登場していた7人のクラスメートを探し、手がかりを探します。
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シミュレーションパート「手紙パート」では15年前に交わしていた10通の手紙を自分の手でやり直していきます。主人公が選ぶ選択肢によってストーリーが分岐していき、文野との関係値も変化していきます。
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「探索パート」では実在の場所や人物に当たりながら手がかりを集めていきます。
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ゲーム性の高い「追求パート」ではクラスメートと対峙し、真実を聞き出していきます。手紙やアイテムを効果的に提示したり、手紙で伝えられていた同級生に対する文野の想いを伝える事で"半落ち"から"完落ち"を目指し、真実に迫っていきます。
7人のクラスメートから15年前の真実を聞き出していくのですが、高校生特有の心の動きや、掘り起こして欲しくない記憶などが絡みあい、物語に深く潜っていくことになります。ホラー作家として名高い藤ダリオ氏が手掛けるシナリオにグイグイ引き込まれていきそうです。
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島根に到着した中村は文野が25年前に亡くなっていたことを知ります。では15年前に文通していた相手は? そこで何が起こったのか? 「手紙パート」と「追求パート」で真実に迫っていく結末は明らかにされませんでしたが、5つの結末があり、「宇宙」や「死」に関わる物語も存在するようです。
安田社長によればゲームプレイは一週約10時間程度。一週目では事実は明らかになるものの、真実までは解き明かされず、二周目には「大どんでん返しがある」とのこと。二周目以降はスキップモードを使えば2時間程度で遊べるとのこと。
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本編以外にも5つのサブストーリーが用意されていて、島根県のゆるキャラ"しまねっこ"を探したり、流浪の作家(本作のシナリオを執筆した藤ダリオさん)を探したり、幻のカクテルを作る(松江市に実在する中村バーが登場)などがあり、クリアすることで様々なイラストなどに触れられるギャラリーが開放されるとのこと。