本選大会は、各予選会を勝ち抜いた猛者たち64名によるNo.1セプター決定戦。トーナメント形式の対戦が行われます。開催は2月28日10:00〜18:00予定で、場所はセガ本社の1号館（東京都大田区羽田1-2-12）。使用マップは未定（Wi-Fiにて配信予定）で、勝利条件は魔力：7000G／期間：40R／同盟：なし／カード：Eカード禁止となっています。
さらにWi-Fi対戦を使用した予選大会に続き、ワイヤレス通信対戦を使用した全国5都市のワイヤレス予選大会の実施も決定しています。参加希望者は、「カルドセプトDSスペシャルサイト」にて申し込みを行いましょう。
●「ALL JAPAN CEPTER'S CUP 2008」公式予選大会 概要
・ファミ通CUP2008
2008年11月29日（土） セガ本社（東京都大田区羽田1-2-12）
・名古屋大会
2008年12月6日（土） ソフマップ ナディアパーク店（愛知県名古屋市中区栄3-18-1）
・札幌大会
2008年12月7日（日） 道特会館（北海道札幌市中央区北2条西2-26）
・東京大会
2008年12月13日（土） セガ本社（東京都大田区羽田1-2-12）
・大阪大会
2008年12月20日（土） 梅田センタービル（大阪府大阪市北区中崎西2-4-12）
・福岡大会
2009年1月10日（土） 天神チクモクビル（福岡県福岡市中央区天神3-10-27）
・特別大会
2009年1月予定 会場未定（東京都内予定）
福岡・札幌大会では36名、その他の会場では48名でトーナメントを行う。
使用マップ：アリーナ1
勝利条件：魔力：7000G／期間：40R／同盟：なし／カード：Eカード禁止
●「ALL JAPAN CEPTER'S CUP 2008」Wi-Fi予選大会 概要
・実施期間
第1回 2008年12月1日（月）〜12月25日（木）
第2回 2009年1月7日（水）〜2月2日（月）
・大会概要
大会実施期間中、Wi-Fi対戦にて規定回数以上の対戦を行い、第1回では上位17人、第2回では上位14人が全国大会出場権を獲得。
・使用マップ
第1回 JUNCTION ※11月13日からWi-Fiにて配信予定
第2回 Q ※12月中旬Wi-Fiにて配信予定
勝利条件：魔力：7000G／期間：40R／同盟：なし／カード：Eカード禁止